В настоящее время Центр-Музей имени Н.К.Рериха сотрудничает со следующими государственными музеями по организации передвижных выставок:
1. Азовский краеведческий музей
2. Бийский краеведческий музей имени В.В.Бианки
3. Верхотуринский историко-архитектурный музей-заповедник (г.Екатеринбург)
4. Воркутинский межрайонный краеведческий музей
5. Государственный Владимиро-Суздальский музей заповедник
6. Государственный Дарвиновский музей
7. Государственный Лермонтовский музей-заповедник «Тарханы» (Пензенская обл.)
8. Государственный музей истории литературы, искусства и культуры Алтая (г.Барнаул)
9. Государственный музей-заповедник «Ростовский кремль»
10. Губахинский городской историко-краеведческий музей
11. Днеропетровский исторический музей имени Д.И.Яворницкого
12. Дом художественного творчества г.Данилова
13. Донецкий областной художественный музей
14. Екатеринбургский музей изобразительных искусств
15. Запорожский государственный областной краеведческий музей
16. Ивановский областной художественный музей
17. Иркутский областной художественный музей имени В.П.Сукачева
18. Калининградская областная художественная галерея
19. Камчатский государственный объединенный музей
20. Карагайский краеведческий музей
21. Карпинский краеведческий музей
22. Кировский областной художественный музей им. Васнецовых
23. Ковровский историко-мемориальный музей
24. Костромской государственный объединенный художественный музей
25. Красноярский культурно-исторический музейный комплекс
26. Кременчугский краеведческий музей
27. Кузнецкий культурно-выставочный центр
28. Львовский музей истории религии
29. Магнитогорская картинная галерея
30. Минусинский краеведческий музей имени Н.М.Мартьянова
31. Московская государственная картинная галерея А.Шилова
32. Музей зарубежного искусства Латвии
33. Музей истории города Днепродзержинска
34. Музей истории города Обнинска
35. Музей истории Донского казачества (г.Новочеркасск)
36. Музей истории и краеведения (Калужская обл., г.Малоярославец)
37. Музей истории камнерезного и ювелирного искусства (г.Екатеринбург)
38. Музей Российского искусства (г.Киев)
39. Музей-библиотека «Мировая культура» (г.Хмельницкий)
40. Музейно-Выставочный Центр (г.Заречный)
41. Музей-усадьба Н.К.Рериха в Изваре
42. Муромский историко-художественный музей
43. Национальный художественный музей Республики Саха (Якутия)
44. Николаевский областной краеведческий музей
45. Никопольский государственный краеведческий музей
46. Новокузнецкий художественный музей
47. Новомосковский музейно-выставочный Центр
48. Норильская художественная галерея
49. Объединенный музей Ю.А.Гагарина
50. Омский областной музей изобразительных искусств имени М.А.Врубеля
51. Пензенская картинная галерея имени К.А.Савицкого
52. Пятигорский краеведческий музей
53. Региональный музей Северного Приладожья г.Сортавала
54. Ростовский областной музей краеведения
55. Рубцовская картинная галерея имени В.В.Тихонова
56. Рыбинский государственный музей-заповедник
57. Рязанский историко-архитектурный музей-заповедник
58. Саратовский художественный музей имени А.Н.Радищева
59. Севастопольский художественный музей имени М.П.Крошицкого
60. Серовский исторический музей
61. Симферопольский художественный музей
62. Соликамский художественный музей
63. Суксунский историко-краеведческий музей
64. Таганрогская картинная галерея
65. Таллинский городской музей
66. Тольяттинский краеведческий музей
67. Угличский историко-художественный музей
68. Хакасский республиканский краеведческий музей
69. Харьковский художественный музей
70. Херсонский областной художественный музей имени А.А.Шовкуненко
71. Центр Культуры и искусств Североуральска
72. Центральный военно-морской музей (Санкт-Петербург)
73. Центральный музей древнерусской культуры и искусства имени Андрея Рублева
74. Черновицкий областной краеведческий музей
75. Энергодарский художественный выставочный зал
76. Ярославский художественный музей
Совместно с Горловским художественным музеем в 2004 году осуществлено издание комплекта открыток серии «Живопись Н.К.Рериха в музеях мира», совместно с Нижегородским государственным художественным музеем в 2002 году издан комплект открыток серии «Майтрейя».
В мае-июне 2003 года в залах Центра-Музея имени Н.К.Рериха экспонировалась выставка картин Костромского государственного объединенного художественного музея «Крестьянский мир Ефима Честнякова», в октябре-ноябре 2004 года – выставка картин Государственного центрального театрального музея им. А.А.Бахрушева и музея МХАТ «Н.К.Рерих и театр».
Музей-усадьба Н.К.Рериха «Извара» участвует в международных научных конференциях МЦР, совместно с Государственной Третьяковской галереей МЦР осуществляет подготовку экспертизы, подтверждающей авторство картин Н.К.Рериха и С.Н.Рериха, и реставрационные работы.